《奈欧斯奥特曼剧场版》故事发生在未来的地球，恶势力凌霄帝国企图夺取全宇宙的能量结晶∵∵。为了阻止他们，奈欧斯奥特曼与同盟超人联手展开激战。正当形势危急时，一位神秘女子出现并向奈欧斯传授了新的能力。最终，奈欧斯通过自己不断成长与团队友谊之力，击败了凌霄帝国，保护了地球和整个宇宙的和平。故事充满惊险刺激与感动情节，并强调勇气、信念以及爱和友谊的重要性。