《只有神知道的世界》第一季讲述了以御坂美琴和上条当麻为主角的高中生□□□。当麻偶遇了有超能力的美琴并卷入了她与科学组织之间的战斗中，两人因此结成不解之缘。他们面对着各种险恶情势，包括神秘液体“咕哝”引发的事件、决定实验品命运的电脑系统、还有埋藏在校园内深处的恐怖机构等。面对黑暗势力，他们必须并肩作战才能揭开谜题背后隐藏着的真相。