第二季的《只有神知道的世界》围绕着高中生主人公桂小太郎展□。他与天才侦探水岛露子一起解决了一系列离奇案件，并发现背后隐藏着神秘的力量。新的故事开始于一个古老传说，它与一个神秘组织有关。为了保护自己和周围的人，小太郎被迫踏上寻找真相之旅，并面临更加复杂、危险的谜题和任务。同时，他也逐渐揭开水岛露子身上那层谜底。这是一个充满悬疑和惊喜的季节，在他们不断成长和战胜挑战的过程中，众多真相浮出水面。