第二季的《Let's Go 时间探险队》故事发生在夏天，时间探险队的成员小明、小晴和小涛收到一封神秘信 ∷。信中描述了一种神奇的时光机器，能带他们穿越时间并解开历史之谜。他们迫不及待地启程前往一个演化论争议极大的时期。在那里，他们会与达尔文等伟大科学家见面，并参与到一个有关进化理论起源的冒险中。通过努力和团结，在历经千辛万苦后，他们成功找到了答案，也加深了彼此间的友谊与团队合作精神。