在《机动战舰剧场版：暗黑王子》中，大型宇宙帝国Zephyr正在迅速扩∷∷∷。当他们威胁到联邦星系时代表Polaris的军事领导者Galatea选择调派最精锐的战士出战。年轻而神秘的机动战舰驾驶员Christian被选召参加任务，并意识到自己与敌方王子拥有相似的力量。随着冲突加剧，Christian必须揭示背后阴谋真相，同时面对内心挣扎和成长，为了明天的和平而战斗。