在一次学校聚会上，高中生侦探柯南遭遇了一名神秘男子的袭击并服下奇怪的药物后，他变成了一个小∵。为了保护自己并解开这个谜团，他以江户川柯南的身份开始卧底调查。随着故事发展，柯南秘密地破解各种离奇案件，并逐渐接近真相。通过与漫画家毛利兰、侦探父亲毛利小五郎等伙伴们携手合作，柯南揭露隐藏在背后的恶势力，并用智慧和勇气将罪犯绳之于法。