《深夜书店3之灵魂伴侣》讲述了年轻女作家小晗在找灵感的过程中，意外进入一家神秘的深夜书 ∷。她遇到了陈渊，一个有着与其完全相反性格的男人。他们慢慢结识并互相吸引，但每次天亮时都不能记起彼此。为了解开这个谜团，他们决定合力破解这座书店背后隐藏的真相。两人通过探索纷繁复杂却又令人心动的故事情节，在概念和现实之间穿越、追寻爱情和文学之门的奥秘。最终，他们守住自己内心想要坚持的东西，并确立了自己对于爱与未来准则重新设定新基点。