在《全能侦探社第二季》中，少年侦探团回归，并面临新的挑∵。他们接受了一起离奇的谋杀案调查任务，卷入一个充满阴谋与秘密的世界。在解开每个人物背后隐藏的真相时，少年们逐渐发现这起案件与上一季未尽事宜有着莫大关联。伴随悬疑和惊险的冒险旅程，他们结识了新朋友，突破自我成长。最终，在聪明机智下恶势力被揭露并制服，正义再次得到伸张。